Nato in Nepal nel 1962, Khen Rinpoche Ghesce Thubten Chonyi è entrato a far parte del Monastero di Kopan dopo essere stato ordinato monaco da Lama Zopa Rinpoche nel 1974.
Ha studiato a Kopan per sei anni anche con Ghesce Ciampa Ghiatso: la mente e i fattori mentali, le scuole filosofiche, terreni e sentieri, i 70 soggetti, Pramanavartika e la grammatica tibetana.
Successivamente è stato ammesso nel monastero di Sera Je nel sud dell’India dove, dopo 18 anni di intenso studio e dibattito, è stato insignito del titolo accademico più alto conferito nella tradizione monastica Ghelugpa, Ghesce Lharampa.
Dopo aver completato la sua formazione a Sera Je, Khen Rinpoche ha studiato e ultimato i suoi studi sul tantra, risultando il primo della sua classe, presso il Collegio Tantrico di Gyudmed. Il monastero di Gyudmed è uno dei due principali collegi monastici specializzato negli insegnamenti del Tantra Buddhista della tradizione Ghelugpa.
Dal 1999 su indicazione di Lama Zopa Rinpoche è insegnante residente del Centro Buddhista FPMT Amitabha di Singapore e dal 14 luglio 2011 è stato nominato abate del Monastero e della Nunnery di Kopan in Nepal.
Dal 2011 Khen Rinpoche fa parte del direttivo della FPMT Inc. Nello scorso gennaio, gli è stato assegnato da Kyabje Zopa Rinpoche il ruolo di abate del Monastero Lhungtok Choekhorling di Sangha Onlus.